馆内的内部机构为：综合科、业务指导科、档案管理科。

业务范围：
办公室：负责本馆财务报送，文件收发，计划生育，法规工作，后勤福利，各种基金收缴，城建档案的声像工作，负责《建设工程档案报送责任书》协议的签订工作 。

业务指导科：负责宣传《档案法》和城建档案各项有关政策法规。同时负责市内城建档案工作的业务指导和督促检查工作，接受和收集各类城建档案进馆，参加市内主要工程的竣工验收，调查收集城建档案工作信息，以促进城建档案完整，准确及时归档。

档案管理科：负责档案进馆的审核、登记整理、分类、统计、上架保管、编制检索工具和接待利用工作，负责库房与阅览室的管理，库内档案的定期鉴定、销毁和对破损档案的修复，以及查阅调档、晒图、复印、复图、翻拍工作。并根据本馆档案利用情况进行综合分析，编辑出刊《档案利用选辑》。

城建档案馆的声像工作：收集和拍摄反映城市建设活动的电视录像片和照片并进行整理，保管统计和利用。

城建档案的编辑编研工作：编研选题计划每年有本馆选定后安排人员进行。